「矯正署」之倡設，溯源於前司法行政部時期。其後，迭經多年苦心運籌，均未能竟功。迨至王前部長清峰任內，始研擬完成「法務部矯正署組織法」草案初稿，並 於99年1月26日陳報行政院審查；嗣經曾前部長勇夫之大力推動，於99年4月9日提報行政院院會審查，4月22日經行政院第3192次院會決議審查通過後， 函請立法院審議。

　　在立法院期間，由第7屆第5會期司法及法制聯席委員會立委2次審查會議，於5月31日針對行政院函送之「法務部矯正署組織法」及「法務部組織法部分條文修 正草案」審查完竣。8月16日第7屆第5會期第2次臨時會，就「法務部組織法」部分條文修正草案及「法務部矯正署組織法」草案，排入議程討論，並於8月 19日完成政黨協商，三讀通過「法務部組織法」部分條文修正草案及「法務部矯正署組織法」草案。嗣於同年9月1日奉總統華總一義字第 09900224451號令公布，並預定於100年1月1日正式揭牌成立，至此矯正人員長期以來之共同心聲，乃能夙願得償。有關推動籌設矯正署之整個發展 經過，臚列如下：

• 清光緒32年間，掌理全國刑罰政令的刑部，更名為「法部」，並於法部設「典獄司」，置郎中3人，員外郎及主事各4人，主管各省監獄、習藝所之罪犯名冊、 囚衣、囚糧、編篡規則、統計等事項。
• 民國成立後，依中華民國臨時約法，法部改為「司法部」，典獄司更名為「監獄司」，首任司長為田荊華先生，當時司法部長許世英先生頗為重視獄政制度之 改革，其稱：「今改良法律，改良裁判，而不急謀所以改良監獄，猶未達完全法治之目的也。」，於是他在民國元年底中央司法會議提出的司法計畫中，宣布 計畫在5年內興建300餘所監獄，培養2000餘名監獄官，完成獄政體制之近代化。
• 民國16年北伐成功，國民政府奠都南京，實施五權分立制度，民國17年司法部改為「司法行政部」，監獄司仍維持不變，並明定全國監獄皆屬司法行政部管 轄，部中則由監獄司掌理監獄一切事務。
• 民國69年7月1日實施審檢分隸，司法行政部改制為「法務部」，監獄司改為「監所司」，承辦全國犯罪矯治業務。此時，法務部雖直接指揮監督各司法監獄， 惟法務部職司各項法務業務，致其實際運作均有賴各幕僚單位之行使聯繫與溝通，而各單位間或囿於對獄政工作本質及重要性的認知程度不同，致影響主要幕 僚單位監所司，不能發揮有效指揮監督功能；況且監獄及其他有關犯罪矯治機構日益增多，獄政刑務工作又因社經結構轉變，日趨複雜，為因應時勢需要，爰 有參照日韓及美歐世界先進國家之體制，提出成立專業專責監督機關－矯正署之構想。
• 矯正司改制為矯正局（署）之議，早在民國52年間即有學者提出，迨民國73年11月間，法務部乃研擬「法務部矯正局組織條例」草案函報行政院審議，嗣因 本於精簡員額要求及該草案功能尚待加強，而於民國74年春自行撤回。
• 民國79年7月9日，法務部召開「研商法務部組織法修正草案」會議，前司長陳豪先生即曾提案希望建議增列第5條之1，「法務部得視業務需要，設矯正局， 其組織以法律定之。」惟未能如願。
• 民國83年8月4日，法務部於矯治人員訓練中心召開83年度獄政研討會，臺灣臺北看守所即提案「建議成立矯正局，將監所行政業務一元化，以合乎現代犯罪 矯 治機構獨立化之需要。」同年9月3日立法委員潘維剛提出書面質詢，認為欲求獄政革新政策有效推動，應將法務部監所司仿先進國家改制為「矯正局」，確立 完整獨立之矯正體系，以期投注更大資源人力科技，強化監所的管理及教化工作。嗣於10月4日法務部召開「研商戒治所組織通則草案會議」，會議中行政院人 事行政局代表范專門委員祥偉指出「以總體人力而言，戒治所應隸屬於法務部矯正局方屬正辦。」
• 民國85年1月18日，法務部長馬英九先生於第635次部務會報重要事項彙編第12號指示關於「矯正局」成立之必要性及可行性，請矯正司繼續蒐集資料， 提出研 究報告。嗣於同年10月2日，立法委員林豐喜、張俊宏、謝錦川、蔡煌瑯等25名委員擬具「法務部組織法第五條條文修正草案」，向立法院提案應成立矯正局， 渠等主張獄政工作為社會工作的一環，亦是執行刑罰、抗制犯罪的最後一站，偵查、審判及執行，在司法體系內理應鼎足三立，前二者均為獨立的行政體系， 唯獨矯正體系仍未能升格為「矯正局」，致各監所矯正處遇難以正常運作，獄政工作人員士氣無法提升，矯治功能無法充分發揮。復於10月25日，立法委員張 俊雄等23人，更以「為因應監所業務急速擴張，急須成立矯正局統合監所業務，促進獄政革新，健全受刑人矯正之週邊設備及制度，落實受刑人之矯治效果」 為理由，擬具「法務部組織法部分條文修正草案」，再度主張將「矯正司」改制為「矯正局」。
• 86年5月7日，立法院召開第3屆第3會期法制、司法兩委員會第7次聯席會議，會中，銓敘部對矯正司改制為矯正局，並無不同意見；人事行政局亦無太大的 不同 意見，僅以行政院為提升國家競爭力，全力推動員額精簡政策，矯正司改制為矯正局是否有其迫切性，頗有質疑。為此，立法院法制、司法兩委員會作成如下 決議：「為健全獄政體質，實施高效能之直線領導體制，將『矯正司』改制為『矯正局』，誠屬必要。惟現階段政府人事急速膨漲，國家財政負擔日趨惡化， 此時適逢推行人力精簡計畫，維持現行幕僚型態運作，亦非得已。立法院為維持其立法精神之一致性及法律規範功能之持續性，爰請行政院立即通盤檢討獄政 政策，並於半年內提出具體改善措施及相關立法計畫，有關「矯正司」改制為「矯正局」乙案，另定期繼續審查。」同年6月，矯正司完成「法務部矯正司改制 為矯正局（署）必要性及可行性研究」之研究報告。
• 民國88年6月行政院研究發展考核委員會委託國立中正大學進行「獄政政策管理與評估」之研究案，建議事項指出：政府重視偵查、審判工作，犯罪矯正在刑事 司法體系長期受到貶抑，未獲同等重視。惟今日犯罪矯正已邁入專業化里程碑，亟待成立一專業獨立之矯正局（署），以為業務督導及統籌各項犯罪矯正事 宜。
• 民國93年3月19日，立法委員林岱華蒞臨臺灣明德外役監獄參訪時，再度提出有關矯正司改制為矯正署之議案，事後雖因故緩議，惟成立「矯正署」乙案，確 屬 符合當前政府施政之需要，並為民意所期待。同年12月中華民國犯罪矯正協會理事長蔡德輝教授、中華民國犯罪學學會理事長楊士隆教授、秘書長吳正坤助理 教授等3人，於中央警察大學「2004年亞太地區犯罪問題與對策研討會」會議上，聯合發表「提昇專業—法務部成立矯正局（署）必要性之探討」論文，倡議法 務部矯正司改制成立矯正署。
• 民國94年1月27日，法務部長陳定南先生卸任前針對本部組織規劃案，正式批示同意成立矯正署，同時指示積極辦理後續規劃工作。同年2月1日部長施茂林 先生 接篆視事後，亦表示對於成立矯正署乙案樂觀其成。嗣於3月9日法務部以法人字第0941300719號函送行政院組織改造推動委員會之「法務部組織調整規 劃報 告」中，正式將法務部矯正署納入規劃（同案列三級機關另有調查局、行政執行署、司法官訓練所）。
• 民國95年3月行政院進行法務部組織法研修作業過程，臨時將廉政局優先納入三級機關，由於二者互有排擠效應，致使矯正署規劃案落後，嗣後因法務部函請行 政院撤回「廉政局組織法草案」，使矯正署得以優先推動。同年6月29日財團法人刑事法雜誌社於司法新廈舉辦「2006年刑法新思維研討會」，中正大學犯罪 防 治系主任楊士隆教授等發表「從新刑法重刑化規範談矯正機關之矯正教化方針」，認為矯正工作面臨重刑化趨勢及長刑期受刑人湧現的挑戰，必須優先從矯正 組織架構面向改革，將幕僚層級的矯正司改制成立矯正局署，才能有效參與主導決策，亦有助於規劃長遠的矯正制度、延續矯正政策一貫性，並凝聚全體矯正 人員的向心力。
• 民國97年5月28日中正大學犯罪研究中心舉辦「死刑存廢刑事政策座談會」，邀請學界、政府機關及民間單位人士與會討論，與會人士許福生教授、鄭瑞隆教 授、楊士隆教授、司法改革基金會吳委員志光等，疾呼政府應重視犯罪矯正工作，並肯定支持成立矯正署方向。同年5月29日王部長清峰再次指示鑑於監所收容 人數之日漸增加，提升矯正司行政層級以擴大權責乙案有其急迫性，希檢討過去籌備規劃之缺失，克服困難，儘速進行。矯正司遂於矯正人員訓練所邀集全國 49所矯正機關首長召開會議，研討法務部矯正司改制成立矯正署案，均獲得與會人員認同。另本部邀集矯正人員訓練所、臺灣高等法院檢察署、檢察司、法律 事務司、法規委員會、總務司、政風司、人事處、會計處、統計處及資訊處等單位共同開會研商，針對「矯正署組織法草案」進行研商，持續推動矯正署組織 法案草擬工作。在此期間，法務部陳主任秘書明堂親自率矯正司長、副司長、人事處副處長及會計處副會計長，分別赴行政院拜會主計處處長及人事行政局局 長，洽談矯正署相關事宜，均獲得正面回應。
• 民國97年8月14日由本部吳次長陳鐶主持召開跨部會會議，邀集銘傳大學蔡教授德輝、中正大學楊學務長士隆、美和技術學院黃教授永順、司法院、銓敘部、 行 政院研究發展考核委員會、行政院人事行政局、行政院主計處及本部所屬矯正機關及各單位，以期能凝聚共識，共同推動成立矯正署。嗣於8月21日行政院劉院 長在法務部王部長及矯正司蕭司長陪同下，視察新店戒治所及臺北看守所業務，劉院長表示對於未來成立「矯正署」的想法樂觀其成，行政院將協助推動。同 年10月6日法務部乃將「法務部組織法部分條文修正草案」及「法務部矯正署組織法草案」陳報行政院。
• 民國99年4月22日行政院第3192次院會決議通過法務部所擬「法務部組織法」部分條文修正草案及「法務部矯正署組織法」草案，並函請立法院審議。8 月19日 立法院第7屆第5會期第2次臨時會第1次會議3讀通過「法務部組織法」部分條文修正草案及「法務部矯正署組織法」草案。9月1日總統以華總一義字第 09900224451號令，公布「制定法務部矯正署組織法」。

　　成立矯正署乃獄政同仁之共同志業，回顧法務部矯正司改制成立矯正署之議案，最早可回溯民國73年之初，往後的20餘年間，歷經多次的失敗與努力，如今終於 能在建國百年的前夕，順利三讀通過，此為我國矯正制度之一大盛事，使我國犯罪矯正體系邁向一個嶄新的紀元。未來，本署將秉持「專業熱忱、公義關懷、追求卓 越、創新價值」之工作核心價值，提升矯正專業效能，展現人權公義新象，持續推動獄政革新。