本署署長綜理署務，並指揮監督所屬機關及人員；副署長襄助署長處理署務。主任秘書權責如下：文稿之綜核及代判、機密及重要文件之處理、各單位之協調及權責問題之核議、重要會議之籌辦、等其他交辦事項。本署設下列組、室：綜合規劃組、教化輔導組、安全督導組、後勤資源組、矯正醫療組、秘書室、人事室、政風室、會計室、統計室。
